La fondation Pro Senectute Arc jurassien est dotée d'une solide gouvernance composée par le Conseil de fondation et la direction.
L'organe suprême de la fondation est le Conseil de fondation auquel la direction doit rendre compte de son action.
La direction élargie fonctionne sous la forme d'un colloque de direction composé de 5 membres dont le directeur.